Genomic Targets for Comparative Sequencing



Targets for Organism: pig

Target Human Chromosome
Reference		 Size in Human
(Mb)		 ENCODE Region Representative Gene(s) in Region 
1  Map  7q31  ~1.5  ENm001  CFTR, WNT2, MET, ST7 
2  Map  7q11, 7q22  ~3.0    ELN, LIMK1, p47-PHOX, ZPA3 
3  Map  7q21  ~5.8    CDK6, COLIA2, PEX1 
4  Map  7p14-p15  ~5.0    AQP1, GHRHR 
5  Map  7q31-q32.1  ~4.0    LEP, PAX4, ARF5, BCP 
6  Map  21q22.11  ~1.4  ENm005  GCFC, INFAR1/2, SON, ITSN 
7  Map  13q22.3  ~0.2    EDNRB 
8  Map  10q11.21  ~0.3    RET 
9  Map  6p12.1  ~0.4    BMP5 
11  Map  8q22.1  ~0.2    GDF6 
12  Map  16p13.3  ~0.1  ENm008  Alpha Globin Cluster 
13  Map  11p15.5  ~0.1  ENm009  Beta Globin Cluster 
14  Map  9p21  ~0.5    IFNB 
15  Map  10p14  ~0.2    IL2R 
16  Map  14q24.3  ~0.1    FOS 
17  Map  1p31-p32  ~0.1    JUN 
18  Map  8q24.12  ~0.1    MYC 
19  Map  11p13  ~0.1    PAX6 
20  Map  5p15.33  ~0.1    TERT 
21  Map  17p12  ~0.2    p53 
22  Map  4q21.1  ~0.5    Serum Albumin 
23  Map  19q13.2  ~0.2    Creatine Kinase 
24  Map  19q13.33  ~0.7    SigLec Cluster 
25  Map  2q24.3  ~1.3    SCN9a, SCN1a, SCN2a, SCN3a 
26  Map  7p22.3  ~0.2    Lunatic Fringe 
27  Map  3q29  ~0.2    HES1 (HRY) 
28  Map  12q21.31  ~0.6    MYF5 
29  Map  2q32.2  ~0.5    GDF8 
30  Map  8q21.13  ~0.3    HRT1 (HEY1) 
34  Map  10q23.2  ~0.1    OPN4 
35  Map  5p13.3  ~0.2    AIM-1 
36  Map  4q11  ~0.2    C-KIT 
37  Map  13q32  ~0.1    DCT 
38  Map  Xp22.2  ~0.3    M6B 
39  Map  3p14.1  ~0.1    MITF 
40  Map  2q35  ~0.2    PAX3 
42  Map  22q13.1  ~0.1    SOX10 
47  Map  16q12.1  ~0.2    CARD15, CYLD 
48  Map  10q26  ~0.3    GFRA1 
50  Map  5q31  ~0.1    GFRA2, CDC25C 
75  Map  6  ~0.5  ENr323   
79  Map  20  ~0.5  ENr333   
108  Map  1  ~0.3    ABCR 
116  Map  4  ~0.3    SCNA 
117  Map  17  ~0.5    MAPT, Tau 
118  Map  17  ~0.3    Sox9 
119  Map  6  ~0.3    Cbfa1 
120  Map  16  ~0.3    ABCC6 
126  Map  9  ~0.4    CDKN2A, CDKN2B 
128  Map  1  ~0.5    IRF6 
129  Map  4  ~0.5    MSX1 
130  Map  7  ~0.6    SHH 
131  Map  12  ~0.5    VWF 
132  Map  17  ~0.3    GALGT2 
133  Map  20  ~0.3    GDAP1L1, HNF4A 
134  Map  20  ~0.2    PTPN1 
135  Map  11  ~0.2    GAB2 
136  Map  5  ~0.2    FoxI1 
137  Map  17  ~0.2    BRCA1 
138  Map  13  ~0.2    BRCA2 
139  Map  17  ~0.3    Tbx2 (Tbx4) 
140  Map  12  ~0.6    Tbx3 (Tbx5) 
141  Map  5  ~0.4    Pitx1 
154  Map  7  ~0.2    NEX 
156  Map  2  ~0.2    Tbr1 
157  Map  3  ~0.2    Tbr2/EOMES 
159  Map  12  ~0.5    Cux-2/CUTL2 
163  Map  10  ~0.2    Emx2 
164  Map  2  ~0.2    NeuroD1 
165  Map  5  ~0.2    Ngn1 
166  Map  4  ~0.2    Ngn2 
168  Map  8  ~0.4    MCPH1 
169  Map  1  ~0.3    ASPM 
170  Map  X  ~0.3    DCX 
171  Map  13  ~0.6    DCLK/DCAMKL1 
172  Map  4  ~0.4    DCLK2/DCAMKL2 
173  Map  17  ~0.3    LIS1/PAFAH1B 
174  Map  5  ~0.4    AK082072/Hu5q14.3 
175  Map  10  ~0.3    AK031861 
176  Map  12  ~0.3    AK082467/AK136927 
178  Map  3  ~0.2    AK038535 
180  Map  7  ~0.3    AK032180 
181  Map  12  ~0.2    AK043754 
182  Map  3  ~0.3    AK034351 
183  Map  6  ~0.2    AK046934 
184  Map  5  ~0.2    AK158494 
185  Map  4  ~0.2    AK021093 
186  Map  5  ~0.2    AK047765 
188  Map  4  ~0.2    AK033955 
189  Map  10  ~0.3    AK034027 
191  Map  2  ~0.3    AK138346 
193  Map  16  ~0.2    AK038730 
194  Map  X  ~0.2    AK020983 

 

 

 

 

NISC Bioinformatics Team
Last modified: Thu Apr 28 10:38:32 EDT 2005