Genomic Targets for Comparative Sequencing



Targets for Organism: cat

Target Human Chromosome
Reference		 Size in Human
(Mb)		 ENCODE Region Representative Gene(s) in Region 
1  Map  7q31  ~1.5  ENm001  CFTR, WNT2, MET, ST7 
2  Map  7q11, 7q22  ~3.0    ELN, LIMK1, p47-PHOX, ZPA3 
3  Map  7q21  ~5.8    CDK6, COLIA2, PEX1 
4  Map  7p14-p15  ~5.0    AQP1, GHRHR 
5  Map  7q31-q32.1  ~4.0    LEP, PAX4, ARF5, BCP 
6  Map  21q22.11  ~1.4  ENm005  GCFC, INFAR1/2, SON, ITSN 
7  Map  13q22.3  ~0.2    EDNRB 
8  Map  10q11.21  ~0.3    RET 
9  Map  6p12.1  ~0.4    BMP5 
11  Map  8q22.1  ~0.2    GDF6 
12  Map  16p13.3  ~0.1  ENm008  Alpha Globin Cluster 
13  Map  11p15.5  ~0.1  ENm009  Beta Globin Cluster 
14  Map  9p21  ~0.5    IFNB 
15  Map  10p14  ~0.2    IL2R 
16  Map  14q24.3  ~0.1    FOS 
17  Map  1p31-p32  ~0.1    JUN 
19  Map  11p13  ~0.1    PAX6 
21  Map  17p12  ~0.2    p53 
22  Map  4q21.1  ~0.5    Serum Albumin 
23  Map  19q13.2  ~0.2    Creatine Kinase 
24  Map  19q13.33  ~0.7    SigLec Cluster 
25  Map  2q24.3  ~1.3    SCN9a, SCN1a, SCN2a, SCN3a 
26  Map  7p22.3  ~0.2    Lunatic Fringe 
27  Map  3q29  ~0.2    HES1 (HRY) 
28  Map  12q21.31  ~0.6    MYF5 
29  Map  2q32.2  ~0.5    GDF8 
30  Map  8q21.13  ~0.3    HRT1 (HEY1) 
31  Map  2p24.2  ~0.2    pMesogenin1 
34  Map  10q23.2  ~0.1    OPN4 
35  Map  5p13.3  ~0.2    AIM-1 
36  Map  4q11  ~0.2    C-KIT 
37  Map  13q32  ~0.1    DCT 
38  Map  Xp22.2  ~0.3    M6B 
39  Map  3p14.1  ~0.1    MITF 
40  Map  2q35  ~0.2    PAX3 
41  Map  11q14  ~0.2    RAB38 
42  Map  22q13.1  ~0.1    SOX10 
46  Map  Xp11.21-Xcen  ~1.0    ZXDA, ZXDB 
47  Map  16q12.1  ~0.2    CARD15, CYLD 
48  Map  10q26  ~0.3    GFRA1 
49  Map  8p21  ~0.1    GFRA2 
50  Map  5q31  ~0.1    GFRA2, CDC25C 
51  Map  13  ~0.5  ENr111   
52  Map  2  ~0.5  ENr112   
53  Map  4  ~0.5  ENr113   
54  Map  10  ~0.5  ENr114   
55  Map  2  ~0.5  ENr121   
56  Map  18  ~0.5  ENr122   
57  Map  12  ~0.5  ENr123   
58  Map  2  ~0.5  ENr131   
59  Map  13  ~0.5  ENr132   
60  Map  21  ~0.5  ENr133   
61  Map  16  ~0.5  ENr211   
62  Map  5  ~0.5  ENr212   
63  Map  18  ~0.5  ENr213   
64  Map  5  ~0.5  ENr221   
65  Map  6  ~0.5  ENr222   
66  Map  6  ~0.5  ENr223   
67  Map  1  ~0.5  ENr231   
68  Map  9  ~0.5  ENr232   
69  Map  15  ~0.5  ENr233   
70  Map  14  ~0.5  ENr311   
71  Map  11  ~0.5  ENr312   
72  Map  16  ~0.5  ENr313   
73  Map  8  ~0.5  ENr321   
74  Map  14  ~0.5  ENr322   
75  Map  6  ~0.5  ENr323   
76  Map  X  ~0.5  ENr324   
77  Map  2  ~0.5  ENr331   
78  Map  11  ~0.5  ENr332   
79  Map  20  ~0.5  ENr333   
80  Map  6  ~0.5  ENr334   
81  Map  5  ~1.0  ENm002  interleukin cluster 
82  Map  11  ~0.5  ENm003  Apo cluster 
83  Map  22  ~1.7  ENm004   
84  Map  X  ~1.34  ENm006   
85  Map  19  ~1.0  ENm007   
86  Map  7  ~0.5  ENm010  HoxA cluster 
87  Map  11  ~0.6  ENm011  IGF2, H19 
88  Map  7  ~1.0  ENm012  FOXP2 
108  Map  1  ~0.3    ABCR 
116  Map  4  ~0.3    SCNA 
117  Map  17  ~0.5    MAPT, Tau 
118  Map  17  ~0.3    Sox9 
119  Map  6  ~0.3    Cbfa1 
120  Map  16  ~0.3    ABCC6 
126  Map  9  ~0.4    CDKN2A, CDKN2B 

 

 

 

 

NISC Bioinformatics Team
Last modified: Thu Apr 28 10:38:32 EDT 2005